Verfolgt man die überlieferte und aufgezeichnete Geschichte des Dorfes Malkendorf zurück, so stellt man fest, dass das Dorf sich vor 1407 im Besitz derer von Buchwaldt befand.
Vom Jahre 1407 hin bis ins Jahr 1937 gehörte Malkendorf zur Hansestadt Lübeck, woran noch heute der Stein auf dem Dorfplatz erinnert.
Am 1. April 1937 wurde der Ort dann im Zuge des Groß-Hamburg-Gesetzes in die Großgemeinde Stockelsdorf eingegliedert.
Die Ursprünge der Malkendorfer Schule reichen bis ins 17. Jahrhundert zurück. Ab 1923 besuchten die Kinder die Horsdorfer Schulen, heute jedoch werden sie in der Regel in Bad Schwartau unterrichtet. Die Erinnerung an die ehemalige Dorfschule ist zumindest bei älteren Malkendorfern noch geblieben, denn im Zusammenhang mit Erzählungen und Geschichten aus der Vergangenheit hört man noch oft das Wort Schulhaus, obwohl sich das Gebäude längst in Privatbesitz befindet und nichts mehr an seine frühere Nutzung als Schule erinnert.
Jahrzehntelang waren die Störche ein Bestandteil von Malkendorf. Residierten sie bis Ende der achtziger Jahre auf dem Schornstein der ehemaligen Meierei, so wurden sie aufgrund der Baufälligkeit des Schornsteins erfolgreich auf das Dach des Hofes Utesch umgesiedelt. Seit einigen Jahren bleibt das Malkendorfer Storchennest jedoch unbenutzt und es ist trotz diverser Bemühungen nicht gelungen, die Störche hier wieder heimisch zu machen.
Heute ist Malkendorf mit ca. 130 Einwohnern das kleinste der zur Gemeinde Stockelsdorf gehörenden Dörfer. Es verfügt über einen Spielplatz und einen kleinen Bolzplatz zentral im Ortskern angeordnet. Entsprechend der Planungen der Gemeindeverwaltung wird sich künftig noch der Neubau eines kombinierten Feuerwehrgeräte- und Dorfgemeinschaftshauses in diesem Bereich dazugesellen.
Malkendorf hat 99 Einwohner:innen (Stand: 20.06.2022).
(Quelle: Festschrift 700 Jahre Stockelsdorf)